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科技日報訊 (記者劉志偉 通訊員吳江龍 陳麗霞)近日,記者從武漢大學(xué)獲悉,該校聯(lián)合團隊創(chuàng)新性開發(fā)出納米孔靶向測序(NTS)檢測方法,能大幅提升病毒陽性檢出率,實現(xiàn)一天同時檢測新型冠狀病毒和其他10大類、40種常見呼吸道病毒并監(jiān)測病毒突變。
3月7日,該團隊在預(yù)印本平臺medRxiv正式發(fā)表題為《納米孔靶向測序精準(zhǔn)全面檢測新冠病毒以及其他呼吸道病毒》的研究論文。
據(jù)了解,以往新冠病毒診斷主要采用的是實時熒光定量核酸擴增檢測系統(tǒng)(qPCR),但是該方法顯示出低敏感性。此外,qPCR核酸檢測無法同時檢測其他秋冬季高發(fā)、引發(fā)癥狀與新冠肺炎相似的其他呼吸道病毒,給疫情防控和患者分流管理帶來極大挑戰(zhàn)。
武漢大學(xué)藥學(xué)院劉天罡教授、武漢大學(xué)人民醫(yī)院李艷教授、余鋰鐳教授、武漢臻熙醫(yī)學(xué)檢驗實驗室有限公司總負責(zé)人付愛思博士等迅速組建聯(lián)合團隊,創(chuàng)新性地開發(fā)了納米孔靶向測序檢測方法。
該團隊研發(fā)的NTS技術(shù)特點在于:它不局限于中國或美國疾病控制中心目前在qPCR方法中推薦的位點,而是將檢測范圍擴大到9個基因、12個位點近1萬個堿基(10kb)區(qū)域,全面覆蓋病毒基因組上主要基因區(qū)域,100%覆蓋病毒基因組上毒力相關(guān)的重要基因,檢測病毒基因組范圍較目前廣泛使用的qPCR提升100倍,從而顯著提高檢測敏感性和準(zhǔn)確性。
劉天罡介紹,qPCR就像是用一把狙擊槍去擊打樣本中的病毒核酸,有一定概率打不中,而NTS不是用狙擊槍,而是撒網(wǎng),并且同時撒十幾張網(wǎng),這樣捕獲病毒核酸的概率就大大增加,不僅如此,它還能在捕獲病毒核酸的同時讀出其序列。
這樣,一次檢測不僅可以確診是否感染新冠病毒,而且其他常見的呼吸道病毒,包括呼吸道合胞病毒、冠狀病毒、腺病毒、副流感病毒、甲乙丙型流感病毒等,也能同時檢測出來,為醫(yī)生分診提供確切依據(jù)。
更重要的是,這種方法還能檢測在病毒傳播期間與毒力相關(guān)的基因是否發(fā)生了突變,從而迅速為后續(xù)的流行病學(xué)分析提供信息。
在研究中,團隊平行測試了NTS和qPCR兩種方法。結(jié)果表明:45個臨床高度疑似新型冠狀病毒感染患者的樣品,NTS共鑒定出34個陽性樣品,比qPCR多檢出15個;16個臨床已確診新型冠狀病毒感染患者中,NTS全部檢測呈陽性。臨床確診樣本顯示,NTS比qPCR的陽性檢出率提升43.8%。
此外,對于高濃度病毒樣本,NTS僅需測序10分鐘即可檢測出結(jié)果。即使極低濃度病毒樣本,也僅需測序4小時就可完成檢測。
從收到樣本到出具結(jié)果,全程控制在6-10小時。而且該技術(shù)所需的納米孔測序平臺對實驗室要求不高,其中最小測序儀MinION是便攜式的,因此NTS也更適合不同級別的醫(yī)院使用。
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